MongoDB 是一種開源的，基于文檔數據庫，它是一種在NoSQL數據庫建模方面非常有靈活性的數據庫。MySQL是一種關系型開源數據庫，它使用了標準的 Structured Query Language (SQL) 作為查詢語言。MongoDB 和 MySQL 都有其自實行的優點和缺點。

比較MongoDB和MySQL，一個最顯著的差異是MongoDB是非關系數據庫，而MySQL是關系數據庫。MongoDB使用文檔概念，而MySQL使用表來存儲數據。在MongoDB中，數據存儲在文檔中，文檔中可以組合多個字段、嵌套文檔以及數組，因此可以存儲更復雜的數據類型。MySQL支持結構化查詢，能對事先定義好的數據表進行更高級的查詢，例如聚合查詢與多表查詢，而MongoDB只支持簡單的基本查詢。

MongoDB的優點是它的文檔非常輕松，而且存儲效率更高，提供了高級查詢，可以更快速地讀寫。它有更靈活的數據模型，支持分布式架構，可用性更高。對相對比較小的數據庫來說，MongoDB更易于開發，并且更簡單易用。

MySQL的優點是它支持ACID數據完整性，“ACID”是Atomicity（原子性）、Consistency（一致性）、Isolation（隔離性）和Durability（持久性）的首字母組合，而MongoDB只支持ACID per collection（每個集合）。MySQL也有大量的插件可用來維護數據，例如做數據備份、安全控制和存儲引擎切換。

MongoDB的缺點是它在集群縮放時存在額外的運維成本，而且它沒有辦法恢復數據庫。此外，MongoDB在多用戶模式下，表級別的數據一致性維護是很麻煩的，并且存在偶發的性能問題，特別是在大數據量的情況下。

MySQL的缺點是它的查詢效率低，對復雜數據建模十分不友好，而它的安全性也比較弱。MySQL也沒有安全的訪問控制，而且會有事務一致性問題，在一定程度上會降低性能。MySQL還不支持文檔嵌套，所以復雜結構的數據不能有效地存儲，甚至導致查詢混亂。

總的來說，MongoDB的優勢在于易于存儲復雜的文檔，擁有更強的靈活性，而MySQL的優勢在于數據安全性，具有更好的查詢效率和安全插件。最終的選擇取決于用戶的需求，如果用戶的目標是更快的讀寫速度和更加靈活的數據模型，MongoDB可能是更好的選擇；而對于對數據安全有特殊要求，或者需要更加嚴格的數據結構，MySQL可能是更好的選擇。